از روز ۳ اردیبهشت ماه که حمید میرزاده رئیس دانشگاه آزاد به تصمیم هیات امنا از مسئولیت خود برکنار و علی محمد نوریان به عنوان سرپرست موقت این دانشگاه منصوب شد، تغییرات انجام شده در مدیریت دانشگاه آزاد به موضوع اختلاف جدی تبدیل شده است.
در حالی که علی اکبر ولایتی رئیس هیاتهای موسس و امنای دانشگاه آزاد روز سهشنبه با متهم کردن حمید میرزاده به فساد، برکناری او را قانونی و قابل دفاع دانسته، حمید میرزاده با ذکر جزئیاتی درباره جلسه تصمیم گیری در مورد عزل وی آنرا غیر قانونی اعلام کرده است. به گزارش ایلنا، آقای میرزاده گفته است که در آن جلسه از این میان اعضاى هیأت امنا،آقایان سید حسن خمینى و دو وزیر علوم، بهداشت و بنده با عزل مخالف بودیم علاوه بر این ، دو وزیر هنگام راى گیرى در جلسه نبودند و قبل از ترک جلسه به صراحت تمام مخالفت کردند. با این حساب عزل بنده فقط سه رای داشته است.
علی اکبر ولایتی روز سهشنبه ۹ خردادماه در گفتگو با روزنامه کیهان در توضیح اتهام فساد حمید میرزاده، به دخالت فرزندان آقای میرزاده در امور دانشگاه و دخالت آنها در قراردادهای مالی کلان اشاره کرده و در مورد جلسه برکناری نیز گفته است که ۵ نفر از ۹ عضو هیئت امنا به برکناری آقای میرزاده رأی دادهاند.
از سوی دیگر حسن خمینی عضو هیئت موسس و هیئت امنای دانشگاه آزاد، روز دوم خرداد در نامه ای به حسن روحانی رئیس جمهور، نسبت به قانونی بودن روند برکناری حمید میرزاده و انتصاب سرپرست جدید ابراز تردید کرده و خواهان دخالت او شده است. حسن خمینی در نامه خود آورده است: «به نظر اینجانب روند عزل برادرمان جناب آقاى میرزاده از وجاهت قانونی برخوردار نیست و حداقل آن است که شبهه غیرقانونی بودن آن بسیار قوی است. همچنین نصب سرپرست نیز بدون رایگیری در هیات امنا بوده است. ورود حضرتعالی در مسأله حتما مفید و راهگشا خواهد بود.»
علی اکبر ولایتی در دفاع از برکناری حمید میرزاده به یک اظهار نظر اکبر هاشمی رفسنجانی استناد کرده و گفته است: «ازرس دانشگاه آزاد در زمان حیات اکبر هاشمی رفسنجانی که ریاست هیئت موسس دانشگاه را به عهده داشت، مواردی از فساد مالی را گزارش کرده بود و آقای هاشمی رفسنجانی گفته بود که آقای میرزاده باید بعد از انتخابات ریاست جمهوری از سمت خود برکنار شود.»
این در حالی است که یاسر هاشمی فرزند هاشمی رفسنجانی و رئیس دفتر هیات امنای دانشگاه آزاد نیز دو روز قبل از سمت خود برکنار شد. به گزارش ایلنا، یاسر هاشمی ضمن نگرانی از برکناری حمید میرزاده، نسبت به آینده دانشگاه آزاد و «هاشمی زدایی» در این دانشگاه هشدار داده بود.
با این حال، محمد محمدیان رئیس نهاد نمایندگی رهبری در دانشگاه ها، روز سهشنبه ۹ خردادماه برکناری رئیس دانشگاه آزاد و انتصاب سرپرست جدید را کاملا قانونی و مطابق اساسنامه دانسته و در توضیح مساله گفته است: «وقتی برای استعفای آقای میرزاده رای گیری شد، هفت نفر از نه نفر اعضای هیات امنا حضور داشتند و آقایان سید حسن خمینی و حمید میرزاده رای ندادند و پنج نفر دیگر رای دادند.»